GNN 教程:GraphSAGE

 

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引言

在GCN的博文中我们重点讨论了图神经网络的逐层传播公式是如何推导的,然而,GCN的训练方式需要将邻接矩阵和特征矩阵一起放到内存或者显存里,在大规模图数据上是不可取的。其次,GCN在训练时需要知道整个图的结构信息(包括待预测的节点), 这在现实某些任务中也不能实现(比如用今天训练的图模型预测明天的数据,那么明天的节点是拿不到的)。GraphSAGE的出现就是为了解决这样的问题,这篇博文中我们将会详细得讨论它。

Inductive learning v.s. Transductive learning

首先我们介绍一下什么是inductive learning. 与其他类型的数据不同,图数据中的每一个节点可以通过边的关系利用其他节点的信息,这样就产生了一个问题,如果训练集上的节点通过边关联到了预测集或者验证集的节点,那么在训练的时候能否用它们的信息呢? 如果训练时用到了测试集或验证集样本的信息(或者说,测试集和验证集在训练的时候是可见的), 我们把这种学习方式叫做transductive learning, 反之,称为inductive learning. 显然,我们所处理的大多数机器学习问题都是inductive learning, 因为我们刻意的将样本集分为训练/验证/测试,并且训练的时候只用训练样本。然而,在GCN中,训练节点收集邻居信息的时候,用到了测试或者验证样本,所以它是transductive的。

概述

GraphSAGE是一个inductive框架,在具体实现中,训练时它仅仅保留训练样本到训练样本的边。inductive learning 的优点是可以利用已知节点的信息为未知节点生成Embedding. GraphSAGE 取自 Graph SAmple and aggreGatE, SAmple指如何对邻居个数进行采样。aggreGatE指拿到邻居的embedding之后如何汇聚这些embedding以更新自己的embedding信息。下图展示了GraphSAGE学习的一个过程: figure 1

  1. 对邻居采样
  2. 采样后的邻居embedding传到节点上来,并使用一个聚合函数聚合这些邻居信息以更新节点的embedding
  3. 根据更新后的embedding预测节点的标签

算法细节

节点 Embedding 生成(即:前向传播)算法

这一节讨论的是如何给图中的节点生成(或者说更新)embedding, 假设我们已经完成了GraphSAGE的训练,因此模型所有的参数(parameters)都已知了。具体来说,这些参数包括$K$个聚合器\(\texttt{AGGREGATE}_k, \forall k \in\{1, \ldots, K\}\)(见下图算法第4行)中的参数, 这些聚合器被用来将邻居embedding信息聚合到节点上,以及一系列的权重矩阵\(\mathbf{W}^{k}, \forall k \in\{1, \ldots, K\}\)(下图算法第5行), 这些权值矩阵被用作在模型层与层之间传播embedding的时候做非线性变换。

下面的算法描述了我们是怎么做前向传播的: 算法的主要部分为: (line 1)初始化每个节点embedding为节点的特征向量 (line 3)对于每一个节点$v$ (line 4)拿到它采样后的邻居的embedding$h_u, u\in\mathcal{N}(v)$并将其聚合,这里\(\mathcal{N}(v)\)表示对邻居采样 (line 5)根据聚合后的邻居embedding(\(h_{\mathbf{N}(v)}\))和自身embedding($h_v$)通过一个非线性变换(\(\sigma(\mathbf{W}\cdot\Box\))更新自身embedding.

算法里的$K$这个比较难理解,下面单独来说他,$K$之前提到过,它既是聚合器的数量,也是权重矩阵的数量,还是网络的层数,这是因为每一层网络中聚合器和权重矩阵是共享的。网络的层数可以理解为需要最大访问到的邻居的跳数(hops),比如在figure 1中,红色节点的更新拿到了它一、二跳邻居的信息,那么网络层数就是2。为了更新红色节点,首先在第一层($k=1$)我们会将蓝色节点的信息聚合到红色节点上,将绿色节点的信息聚合到蓝色节点上。在第二层($k=2$)红色节点的embedding被再次更新,不过这次用的是更新后的蓝色节点embedding,这样就保证了红色节点更新后的embedding包括蓝色和绿色节点的信息。

采样 (SAmple) 算法

GraphSAGE采用了定长抽样的方法,具体来说,定义需要的邻居个数$S$, 然后采用有放回的重采样/负采样方法达到$S$,。保证每个节点(采样后的)邻居个数一致是为了把多个节点以及他们的邻居拼成Tensor送到GPU中进行批训练。

聚合器 (Aggregator) 架构

GraphSAGE 提供了多种聚合器,实验中效果最好的平均聚合器(mean aggregator),平均聚合器的思虑很简单,每个维度取对邻居embedding相应维度的均值,这个和GCN的做法基本一致(GCN实际上用的是求和):

\[\mathbf{h}_{v}^{k} \leftarrow \sigma\left(\mathbf{W} \cdot \operatorname{MEAN}\left(\left\{\mathbf{h}_{v}^{k-1}\right\} \cup\left\{\mathbf{h}_{u}^{k-1}, \forall u \in \mathcal{N}(v)\right\}\right)\right.\]

举个简单例子,比如一个节点的3个邻居的embedding分别为 $[1, 2, 3, 4], [2, 3, 4, 5], [3, 4, 5, 6]$ 按照每一维分别求均值就得到了聚合后的邻居embedding为 $[2, 3, 4, 5]$.

论文中还阐述了另外两种aggregator: LSTM aggregatorPooling aggregator, 有兴趣的可以去论文中看下。

参数学习

到此为止,整个模型的架构就讲完了,那么GraphSAGE是如何学习聚合器的参数以及权重变量$\textbf{W}$的呢? 在有监督的情况下,可以使用每个节点的预测label和真实label的交叉熵作为损失函数。在无监督的情况下,可以假设相邻的节点的输出embeding应当尽可能相近,因此可以设计出如下的损失函数:

\[J_{\mathcal{G}}\left(\mathbf{z}_{u}\right)=-\log \left(\sigma\left(\mathbf{z}_{u}^{\top} \mathbf{z}_{v}\right)\right)-Q \cdot \mathbb{E}_{v_{n} \sim P_{n}(v)} \log \left(\sigma\left(-\mathbf{z}_{u}^{\top} \mathbf{z}_{v_{n}}\right)\right)\]

其中$z_u$是节点$u$的输出embedding, $v$是节点$u$的邻居(这里邻居是广义的,比如说如果$v$和$u$在一个定长的随机游走中可达,那么我们也认为他们相邻),$P_n$是负采样分布,$Q$是负采样的样本数量,所谓负采样指我们还需要一批不是$v$邻居的节点作为负样本,那么上面这个式子的意思是相邻节点的embedding的相似度尽量大的情况下保证不相邻节点的embedding的期望相似度尽可能小。

后话

GraphSAGE采用了采样的机制,克服了GCN训练时内存和显存上的限制,使得图模型可以应用到大规模的图结构数据中,是目前几乎所有工业上图模型的雏形。然而,每个节点这么多邻居,采样能否考虑到邻居的相对重要性呢,或者我们在聚合计算中能否考虑到邻居的相对重要性? 这个问题在我们的下一篇博文Graph Attentioin Networks中做了详细的讨论。

Reference

Inductive Representation Learning on Large Graphs